奇皇后3讲述在一切情感都成为危险的未来，女主为了净化自己的DNA，去除体内所有的强烈情感，进入了一台机器，穿梭于自己的前生今世（1910年、2014年、2044年），在穿越过程中她邂逅了似曾相识的男主。