屋顶上的女孩在日本引以为豪的富士山山麓山梨县的某个小镇里，主人公·远藤清美（市川实日子 饰）是在商务酒店工作的单身母亲，某日意外地遇到了外星人，故事由此展开。如果她是一个单纯少女，她将与外星人建立友谊，为正义与巨恶战斗…的青春冒险剧即将开始，不过，经历了世间酸甜苦辣的成年人清美，在不得罪外星人的水平上请求其解决她工作和私人生活中的小事件……