名侦探柯南纯黑的恶梦为了保护自己的结拜兄弟锦山以及心爱的女人由美，于是自愿顶替锦山并扛下杀了自己组内老大的罪名，然后服刑十年后回到神室町的主角“桐生一马”与为了找寻母亲的神秘少女相遇。这个女孩的名字叫做“遥”，同时她的手中掌握了一笔与东京第一大帮派‧东城会有关而行踪不明的一百亿元下落的关键资料，于是各方势力为了这笔钱都因此盯上了这名少女。为了守护遥而战的桐生，也在战斗中开始找寻何谓“人活着的意义”。