魔法少女奈叶剧场版讲述了全校最丑胖的男生文帅在原学校备受欺负后鼓起勇气转学，却在一夜之间拥有了两具迥然不同的身体！一具是原先丑胖的自己，可另一具竟然是颜值爆表的完美男神，文帅发现自己的思维可以在两具身体中任意切换，当一副身体清醒另一副则会进入睡眠状态 … 两具身体的秘密使文帅原先的生活发生了天翻地覆的变化，受到了从未有过的欢迎，开始了完全不同的生活，感受到“金字塔顶”人生的美妙和便利，与此同时，这幅帅气身体隐藏着巨大秘密逐渐浮出水面，帅气身体原本的主人 kris 逐渐苏醒，层层谜团逐渐解开。